تواجه هذه الشعبة العديد من الآفات الحشرية التي تسبب عادة نقص في قيمة الثمار المنتجة كما و نوعا و منه خفض القيمة التسويقية لهذه الفاكهة، من بينها حفارة اوراق الحمضيات، الذبابة البيضاء، المن، دودة السرة و ذبابة البحر الابيض المتوسط (ذبابة الفواكه على الحمضيات).

تتواجد هذه الاخيرة على مستوى  معظم المناطق المنتجة للحمضيات كما انها تصيب مختلف محاصيل الفواكه من اشجار الرمان، الخوخ، التين وغيرها. لهذا و لحماية المحاصيل  تقوم المصالح التابعة للمعهد الوطني لحماية النباتات بمتابعة الاشجار المثمرة بالخصوص الحمضيات  و رصد الاضرار الناتجة عن هذه الذبابة.